Konfliktens kärna är att de flesta av arabvärldens ledare konsekvent har vägrat att acceptera staten Israel och en judisk befolkning i området. Arabvärlden med sina 422 miljoner invånare och nästan 600 gånger större landyta än Israel har utkämpat flera krig mot Israel med det uttalade målet att kasta judarna i havet och utplåna judarnas land. 1948 förkastades FN:s delningsplan av arabländerna och när Jordanien då erövrade Östra Jerusalem utvisades omedelbart alla judiska invånare.

Omkring 700 000 judar tvingades efter självständighetskriget 1948 att fly från arabvärlden när de angripande arabiska arméerna misslyckades med att utplåna Israel.

Flertalet muslimska och arabiska länder vägrar fortfarande inresetillstånd för personer med israeliska pass.
De araber som lämnade sina hem i samband med arabländernas angreppskrig mot Israel år 1948 har fått det internationella samfundets fulla uppbackning, till skillnad från de judiska flyktingarna efter folkmordet och den etniska rensningen av Europas judar och de judiska flyktingarna från Iran och arabvärlden.

Medan alla andra flyktinginsatser från FN via flyktingorganet UNHCR handlar om att integrera och inkludera flyktingar i deras nya miljö, har FN-organet UNRWA istället som mål att permanenta den palestinska flyktingsituationen. Inga andra flyktingar i världen kan ärva sin flyktingstatus i generationer.

Efter att ha förlorat flera angreppskrig mot Israel sade Arabförbundet under ett toppmöte i Sudans huvudstad Khartoum strax efter sexdagarskriget 1967 nej till fred med Israel, nej till förhandlingar med Israel och nej till en normalisering av relationerna med Israel.
Samtidigt ändrade arabvärlden taktik. Då Egypten och Jordanien hade förlorat kontrollen över det som nu definieras som de palestinska områdena lyfte muslimvärlden efter 1967, med hjälp av kommunistdiktaturerna i Warszawapakten och med stöd av Socialistinternationalen fram den muslimska befolkningens självständighetskrav som ett påtryckningsmedel gentemot Israel. Innan 1967 fanns det ingen stark nationell palestinska rörelse i Gaza eller på Västbanken.

Det har aldrig tidigare i historien funnits ett självständigt land med namnet Palestina och Jerusalem har aldrig varit huvudstad i något annat land än Israel.